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sirna在线设计网站

编辑小哥S
设计网站
2025-04-15 22:09:19
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文章阐述了关于sirna在线设计网站，以及sirna设计软件的信息，欢迎批评指正。

简述信息一览：

1、小白快速上手!siRNA的设计
2、如何在线设计siRNA?
3、如何设计siRNA
4、sirnanc怎么设计-如何设计有效的siRNA

小白快速上手!siRNA的设计

1、小白快速上手设计siRNA的步骤如下：选择目标基因：确定你想要“静音”的基因，例如Mettl1。通过NCBI的RefSeq数据库找到对应的基因Accession Number。使用专业工具设计siRNA：借助专业工具，如BLOCKiT？ RNAi Designer。输入Accession Number，并锁定目标区域。确认研究对象，例如Mus musculus。

2、操作流程如诗行般流畅：首先，输入Accession Number，锁定目标区域（ORF或UTR），确认你的研究对象是Mus musculus。接下来，是设计的黄金时刻，你将看到一个个候选siRNA跃然屏幕上，如5-CCCAGAGTTCTTTGCTCCGCTTATT-3，每一个序列都蕴含着可能性。

（图片来源网络，侵删）

如何在线设计siRNA?

1、以下是三种常用的siRNA在线设计网站： siDirect设计网站（sidirectrnai.jp/）输入NCBI序列号或序列信息（FASTA格式），点击design siRNA。网站将提供一系列siRNA设计，包括Tm值、脱靶效应等评估信息。

2、siRNA设计原则首先，理想的siRNA应在靶基因的AUG下游50至100个核苷酸内寻找，靠近3端的序列通常效果更佳。推荐使用AA（N n）UU或NA（N n）UU/NA（N n）NN格式，19-29个核苷酸最有效，过长可能导致非特异性效果。3端突出碱基选择dTdT，以增强siRNA双链稳定性。

3、点击你要的序列号，会进入这个基因的基本信息，一直往下拉会看到mRNAandProtein（s），NM开头的序列号就是其CDNA的序列了。

（图片来源网络，侵删）

4、设计时还需考虑序列特异性，建议设计多条siRNA以覆盖不同位置，确保高效沉默。siRNA设计网站如DSIR、siDirect和Thermofisher提供了便捷的在线设计工具。设计时需在NCBI查找基因编号和序列，注意选择各剪接体共享位置和区别于其他基因保守位置。

5、选择siRNA、shRNA或miRNA时，需考虑实验目的和细胞特性。siRNA适用于快速检测，shRNA适用于稳定沉默基因或植物研究，而miRNA适用于内源调控研究和跨物种研究。设计时需注意特异性、序列长度和热力学性质，以及结合在线工具进行辅助设计。

6、RNA干扰的类别包括siRNA、microRNA（miRNA）和shRNA。siRNA由dsRNA结合核酶复合物形成RNA诱导沉默复合物，通过碱基配对定位到同源mRNA上，切割mRNA。miRNA由内源性发夹结构转录产物衍生而来，靶向干扰成熟miRNA。shRNA是设计为能够形成发夹结构的非编码小RNA分子，通过RNA干扰来抑制基因表达。

如何设计siRNA

siDirect设计网站（sidirectrnai.jp/）输入NCBI序列号或序列信息（FASTA格式），点击design siRNA。网站将提供一系列siRNA设计，包括Tm值、脱靶效应等评估信息。 DSIR设计网站（biodev.extra.cea.fr/DSI...）输入RNA名字和序列（FASTA格式），点击Run ***ysis。

确定你想要“静音”的基因，例如Mettl1。通过NCBI的RefSeq数据库找到对应的基因Accession Number。使用专业工具设计siRNA：借助专业工具，如BLOCKiT？ RNAi Designer。输入Accession Number，并锁定目标区域。确认研究对象，例如Mus musculus。

siRNA设计原则首先，理想的siRNA应在靶基因的AUG下游50至100个核苷酸内寻找，靠近3端的序列通常效果更佳。推荐使用AA（N n）UU或NA（N n）UU/NA（N n）NN格式，19-29个核苷酸最有效，过长可能导致非特异性效果。3端突出碱基选择dTdT，以增强siRNA双链稳定性。

设计siRNA通常参考Tuschl的实验指导，步骤如下：从基因的开放阅读框起始密码后的75-100碱基处寻找“AA”序列之后的19个碱基，非“AA”的“XY”序列也可，但应避免针对5’和3’端非编码区，因为它们可能受调控蛋白影响。优选GC含量在40-55%的靶基因序列，避免与编码序列或EST同源。

关键步骤：目的基因确定：明确需要沉默的目标基因。设计siRNA靶序列：从转录AUG起始密码子开始，寻找AA序列，并记录其3’端的19个核苷酸作为候选siRNA靶位点。避免针对5’和3’端的非编码区，并排除与其它编码序列或EST同源的序列。