sgrna设计网站

简述信息一览：

• 1、只需5步,快速学会CRISPR/Cas9的sgRNA设计
• 2、CHOPCHOP网页版设计细菌的sgRNA
• 3、使用benchling网站设计sgRNA

只需5步,快速学会CRISPR/Cas9的sgRNA设计

设计流程分为五个步骤：选择编辑类型、输入基因序列、设定spacer长度、导出sgRNA信息以及挑选合适的sgRNA。第一步，选定编辑目标，比如敲除基因。第二步，输入基因序列，支持raw或fasta格式，序列长度需小于10000bp。第三步，选择spacer长度，如19nt，系统将扫描基因正反链上的所有可能sgRNA序列。

输入序列信息，选择正确的物种和Cas9蛋白。网站会生成sgRNA序列信息，包括序列、PAM、特异性评分、切割效率评分和潜在的脱靶位点。此外，CHOPCHOP和E-CRISP也是设计sgRNA和预测脱靶的工具。每个网站的评分规则不同，设计时需综合考虑。

质粒构建步骤： 载体选择：***用LentiCRISPRV2载体，含有两个B***BI酶切位点。 酶切与连接：使用B***BI内切酶打开载体所需区域，设计并退火寡核苷酸链引物，通过T4连接酶将sgRNA与载体连接。 转化与检测：质粒转化***用Stbl3感受态细胞，进行PCR检测和琼脂糖凝胶电泳分析。

接着，设计sgRNA位点。选择目标敲除位点，对于蛋白编码基因，可将位点设计在关键结构域的外显子上；若不明确蛋白性质，可放置在起始密码子ATG后的外显子上。对于microRNA，设计位点时需考虑成熟microRNA编码区或其5’和3’侧翼序列。随后通过预测工具减少脱靶效应，确保sgRNA设计的精准性。构建Cas9载体。

CHOPCHOP网页版设计细菌的sgRNA

CHOPCHOP网页版是一款用于设计细菌的sgRNA的工具。在使用CHOPCHOP设计sgRNA时，首先需要确定目标位点。目标位点可以是基因名称，也可以是基因序列。在确定了目标位点之后，用户可以点击“Find Target Sites”按钮，CHOPCHOP将自动搜索该位点的潜在切割位点。

需要。虽然chopchop可以帮助用户搜寻候选的sgRNA，并显示在全基因组范围内潜在的脱靶位点，但是为了确保sgRNA的有效性和安全性，仍需要进行结构检测，结构检测可以确保sgRNA的稳定性和活性，同时避免潜在的脱靶效应。

然后，选择合适的sgrna设计网站，如Cas-Designer或CRISPOR。输入序列信息，选择正确的物种和Cas9蛋白。网站会生成sgRNA序列信息，包括序列、PAM、特异性评分、切割效率评分和潜在的脱靶位点。此外，CHOPCHOP和E-CRISP也是设计sgRNA和预测脱靶的工具。每个网站的评分规则不同，设计时需综合考虑。

选取上图中序列作为sgRNA的靶序列，在sgRNA设计网站输入靶基因信息和设计相关信息。常用的sgRNA设计网站包括CRISPOR、GPP Web Portal、E-CRISP、CHOPCHOP等。此处选择CRISPOR进行sgRNA设计，输入靶序列，选定基因对应的物种信息和Cas9和PAM种类后点击提交，得到sgRNA序列和相关信息。

使用benchling网站设计sgRNA

使用benchling网站设计sgRNA，需要遵循以下步骤：首先，通过Google账号进行登陆，或创建新的账号。随后，点击创建新项目并选择CRISPER类别下的CRISPER guides。接下来，进行序列的导入步骤。您可以通过以下两种方式操作：方法一：自己粘贴序列。例如，输入如下序列：CAACTACAAGACCCGCGCCG AGG。

若设计的guide RNA经过终止密码子，benchling可能提示未检测到序列，这是正常的。完成guide RNA和同源臂的设计后，将所有同源互补模板粘贴回你的质粒。在此过程中，在质粒两端分别添加guide RNA及PAM序列。

以人源TP53基因为例，Benchling设计流程如下：登录Benchling网站，创建sgRNA文件，导入DNA序列（如从Snapgene文件），选择靠近ATG的第一外显子设计sgRNA靶点。通过选择设计类型（单靶点或多靶点）、靶点长度（默认20bp）、物种、PAM序列等参数进行设计。

关于sgrna设计网站，以及sgrna如何设计的相关信息分享结束，感谢你的耐心阅读，希望对你有所帮助。